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一百年前，沙漠城市「荒漠市」因寶可夢們的對戰而蒙受極大損害，這場對戰的開端，則源自某隻寶可夢的存在。然而這隻寶可夢遭到某個人封印，如今荒漠市已恢復以往的寧靜。 小智與皮卡丘等人在旅行途中，遇見擁有「能從光環拿出所有物品」能力的幻之寶可夢—胡帕，以及照顧牠的少女「梅雅利」。愛搗蛋的胡帕，以從那個神奇光環中拿出牠最愛的甜甜圈，還有各種物品來嚇人為樂。喜歡搗蛋又天真無邪的胡帕，還稱呼小智和皮卡丘為「小知/サト」跟「皮卡/比卡」，徹底成為好朋友的胡帕和小智等人，決定一起去旅行。 抵達荒漠市時的小智一...

小智一行人在旅行途中突然遇到「夢幻神奇寶貝」-波爾凱尼恩從天而降，其落下的衝撃讓小智與波爾凱尼恩被奇妙的裝置聯繫在一起，被波爾凱尼恩給牽著走的小智等人來到了有巨大齒輪的都市阿佐特王國… 擁有不停轉動的巨大齒輪的超級機關城市——阿佐特王國的大臣賈維斯，得到了他長年所追尋的終極發明。那就是500年前誕生於阿佐特王國的人造神奇寶貝——瑪機雅娜，以及據說寄存在瑪機雅娜體內，被稱為「魂心」的未知力量。 究竟被綁在一起的小智和波爾凱尼恩，能不能合力救出瑪機雅娜呢？然而，隱藏於「魂心」中的真正力量又是什麼...

位於卡洛斯地區有一座和諧寧靜的地下王國——鑽石王國。調皮可愛的精靈公主蒂安希（松本真理香配音）備受寵愛，然而她似乎並未擁有讓維持著王國運行的神聖鑽石繼續產生能量的能力，為此她在長老的指點下啟程前去尋找傳說中的精靈哲爾尼亞斯（三田佳子配音）。因為擁有製造鑽石的能力，蒂安希在路上遭到了女賊瑪麗蓮（足立梨花配音）、忍者盜賊萊歐特（山寺宏一配音）以及火箭隊三人組的刁難，關鍵時刻多虧小智（松本梨香配音）出手相助才讓她化險為夷。在此之後，公主和小智他們一路同行，幾經輾轉終於來到了哲爾尼亞斯所在的森林。但是，...

故事中的「魔導士公會」是個為魔導士們仲介各式工作的地方，而以成為獨當一面的魔導士為目標的少女「露西」，一直憧憬著加入擁有眾多厲害魔法師雲集的公會「妖精尾巴」。她在操縱火的魔導士「納茲」的引導下順利加入了妖精尾巴 ，並在認識了許多高手之後，與納茲等人組成了隊伍展開冒險。 　　在這次劇場版中，舞台架構在一個被斷崖絕壁所包圍的孤島。納茲等人為了取回名為「龍之淚」、這把寄宿著過去被人類殺死而充滿憤怒的龍魂的杖，守護世界和平而展開一場又一場的激烈戰鬥。...

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